Uralt ist die Geschichte des Ortes. Schon in grauer Vorzeit siedelte der Mensch hier. Dann aber waren es keltische Völker, die das Bergmassiv bereits vor Christi Geburt zu einer befestigten Stadt ausbauten. Zahlreiche Funde und Relikte in und um Amöneburg geben noch heute beredtes Zeugnis.
Im Jahre 721 kam Bonifatius nach Amöneburg, baute hier ein Kloster und begann von hier aus mit der Durchführung seines Missionswerkes. Anfang des 12. Jhs. gelangte Amöneburg dann in die Hände der Mainzer Erzbischöfe. Diese befestigten den Ort durch Mauern, Türme und Tore und erbauten an der höchsten Stelle des Berges das kurfürstliche Schloss. So wurde Amöneburg die bedeutendste Festung dieses Raumes; gleichzeitig war die Stadt seit dem Mittelalter auch zentraler Verwaltungsort aller mainzischen Besitzungen im nördlichen Hessen.
Während des Dreißigjährigen Krieges war Amöneburg hart umkämpft und oft belagert, bis es im Jahre 1646 von schwedischen Truppen eingenommen und vollkommen zerstört wurde. Noch heute künden zahlreiche Ruinen von der einstigen Bedeutung.
Nach dem Wiederaufbau spielte Amöneburg dann nochmals im Siebenjährigen Kriege eine große Rolle. Französische und verbündete preußische Truppen lieferten sich unterhalb des Berges an der Ohm eine blutige Schlacht. An dieses Gefecht sowie an den nachfolgenden Waffenstillstand erinnert der sog. Friedensstein auf dem Hofe des Brücker Wirtshauses.
Als 1802/03 das Kurfürstentum Mainz aufgelöst wurde, verlor auch die alte mainzische Festung Amöneburg zunehmend an Bedeutung.
Was aber blieb ist die bis heute einmalig schöne Lage der Bergstadt, die jährlich zahlreiche Besucher anzieht.